新四军成立时政治部设有敌工部，负责对日伪军工作的组织领导。1939年3月，周恩来在皖南对新四军的敌军工作提出要求：“用—切方法动摇敌军军心，使他们部队里面反战情结高涨，不愿意打仗”，“把瓦解伪军的工作放在很重要的地位，不仅在军事上消灭他，而且在政治上瓦解他，使敌人不敢运用伪军”，要“利用维持会、伪军等做内线，为我们侦察敌情，通报消息，将来时机成熟可以里应外合”，“在大城市中建立秘密的工作”。
新四军重建军部后，随着苏南、苏中、苏北、淮南、淮北、豫鄂、皖中（皖江）、浙东等抗日根据地相继建立，敌军工作亦成为各根据地一项重要工作。为贯彻中共中央指示，加强对敌伪军工作的组织领导，华中局于1941年10月25日发出专门指示，强调指出：加强敌伪军工作，已成为华中全党全军一个极其重要的工作，必须以最大决心和毅力来加强这一工作，才能长期坚持华中，才能保证巩固华中抗日民主根据地。根据中共中央和华中局的指示，相继建立并逐步健全了敌伪军工作的领导机关和办事机构，各地委、县委亦成立了敌军工作部门，在与敌伪接近的地区成立了敌工站。在皖江，新四军第七师政委曾希圣曾亲自兼任区党委联络(敌工)部部长。在淮北，第四师号召全区要挑选最好的干部到敌占区去，并将区党委敌工部和第四师敌工部合并，统一领导地方和部队的敌军工作。各根据地从上到下建立起了—套完整的敌军工作机构，为开展敌伪军工作奠定了强有力的组织基础。
由于日伪军不断对抗日根据地进行“扫荡”、“清乡”，在兵力上和装备上又处于优势，给根据地造成极大的损失。为了化被动为主动，粉碎日伪军的阴谋，及时获知敌军的动向就成为对敌斗争中的紧迫任务。为此，各根据地派出大量得力人员，采取各种形式，利用各种社会关系，打入到敌人内部去猎取情报。建立情报网，做到知己知彼，以避敌锋芒，乘机打击敌人。淮北区经过一年多工作，，在伪军据点建立了情报关系。其中11个据点能主动向新四军送情报，45个据点敌人出发时新四军可以及时获悉。苏南区敌工委派人打入浦东日伪军内部，每次当日伪军对根据地进行“扫荡”时，新四军均可及时获悉，使根据地军民能安然转移，随日伪军尾部打转，情况最紧急时甚至可以进入伪军据点隐蔽。在丹北地区，不少战斗都是敌工站先派人收集情报，找向导，配合内应，取得胜利。皖江区党委及各地委、县委联络(敌工)部下设敌工、情报、交通三个部门。从敌人内部搞到的情报，依赖于“交通”的迅速传递，否则就不能发挥作用。当时日伪据点星罗棋布，封锁线纵横交错，中间又有长江天险阻隔，传送情报的工作任务繁重而艰险，由于根据地各级党委的重视，都能出色地完成任务。
为了动摇日伪军的军心，各根据地大力加强了宣传工作，在敌人经常活动的地区刷写醒目的大标语：印制各类宣传品，通过散发、张贴、邮寄、送交等各种方法，不断地将宣传品送到日伪军和伪组织等伪方人员中，将根据地出版的报纸，通过各种渠道向日军和伪军、伪组织散发。浙东区还出版了日文版的《解放周报》，专门对日军开展宣传攻势，从而使日军的思想情绪逐渐发生变化，由思乡、悲观，发展到厌战、怠战、反战，削弱日军的战斗力。有的日军主动向新西军投诚。伪军、伪组织人员在强大的、经常不断的宣传攻势下，纷纷从附逆变为能为新四军利用的“两面派”或“三面派”。各根据地还普遍进行了伪属的调查和登记工作。在广泛调查登记的基础上，动员伪属争取伪军和伪组织人员。
抗日根据地在伪军中开展的“红黑点运动”，是群众性敌军工作的又一创造。苏中区党委敌工委、地委敌工分委、县委敌工部成立后，于1943年在全区范围内对伪军开展了“红黑点运动”，即对伪军、伪警、伪组织人员做一件好事记一个红点，做一件坏事记一个黑点，在一定时间予以公布，张贴在碉堡、岗楼、电杆上。用红点鼓励伪方人员改恶向善，用黑点给以警告，促其自新，对坚决扰害人民的则予以镇压，造成对伪方人员强大政治压力，促进了伪军伪组织内部的分化。
各根据地还开展了交通要道的敌军工作，长江工委经过艰苦细致的工作，建立起了连接长江两岸的秘密交通线，掩护大批干部和知识分子安全地在敌人严密封锁的长江防线上通行无阻。皖江根据地设立沿江秘密交通线，第七师抽调得力干部秘密进入长江中心的老洲，组织了以伪军名义出现的小分队，还建立了“两面派”政权老洲乡公所，使老洲这个江心小岛牢牢地掌握在第七师手中，日、伪、顽都无法插足，滚滚长江成了皖江区和新四军第七师人员南来北往的坦途。苏北根据地中共盐阜地委还开辟了一条从苏北到上海的海上交通线，打破了敌人对盐阜及整个苏北区的封锁，完成了运送干部和大批军需民用物资等艰巨任务。
各根据地通过组织敌后武工队，开展边缘区敌军工作。为了打破敌人的经济封锁，解决根据地人民紧缺的各种物资，还秘密派出人员到敌占城市开展工作。淮北区党委特地成立徐州工委和蚌埠工委，专门争取大股伪军反正。徐州工委遵照中共中央和华中局指示，重点争取汪伪淮海省省长兼徐州绥靖公署主任郝鹏举反正。经过一段时间构工作，淮北区党委书记邓子恢亲自接见伪军上层人物，终于将伪淮海省宣传处长兼军政干部学院少将教育长高汉、伪第六路军第一师师长乜庭宾、第二师师长张奇等人发展为中共特别党员，搞到了日伪的大量情报。抗战甫告胜利，即策动了郝鹏举部伪军2万人反正，在华中地区产生了很大影响。