部队整编后，苏浙军区立即确定了南进的部署。2月苏浙军区第一纵队开辟了莫干山地区。正当新四军连续歼灭日伪军收复国土，胜利发展时，国民党第三战区却指令其苏浙皖边挺进军、忠义救国军、保安团等共5个团，向新四军苏浙军区第三纵队第七支队进攻。苏浙军区第一、第三纵队奋起自卫还击，从2月12日起，经5日激战歼顽军1700余人，乘胜解放了孝丰城，取得了第一次天目山反顽自卫战役的胜利。

    3月，国民党军又向新四军发起进攻，企图夺取孝丰城，歼灭苏浙军区主力，驱逐新四军出天目山以北地区。苏浙军区连续战斗，再次粉碎了顽军的进攻，乘胜占领了东、西天目山和临安地区，取得了第二次天目山反顽自卫战役的胜利。

    5月20日，苏浙军区第四纵队南渡富春江．与浙东纵队一部会合，打通了浙西与浙东两块根据地的联系，22日，国民党第三战区调集第二十五集团军之第七十九师、突击总队，进占新登城周围，切断了富春江两岸新四军的联系。准备渡江的第四纵队第十支队被阻于富春江北。苏浙军区命第一纵队第一支队、第三纵队第七支队会同第十支队，于5月29日发起新登战役，占领了新登县城。此时苏浙军区获悉，国民党第三战区乘机调集第二十五集团军14个主力师，共6.6万余人，企图聚歼新四军于天目山地区。6月4日，苏浙军区主动放弃新登，撤出临安、天目山地区。部队集结在孝丰城北地区，休整待机，作好自卫反击战前准备。6月19日至23日，发起天目山第三次反顽自卫战，取得胜利。三次天目山反顽自卫战，在军事上提早实现了由分散游击战到向大兵团运动战的战略转变，也为打大兵团运动战创造和积累了宝贵的经验。战役的胜利，粉碎了顽军的进攻，为坚持孝丰、天目山、杭嘉湖敌后新区，进一步巩固苏浙皖边反顽基地创造了有利的条件。