1946年12月23日，中共中央根据解放战争形势的需要，决定山东军区和华中军区合并组成华东军区，山东野战军和华中野战军合并组成华东野战军，统一领导山东和华中的军事斗争。1947年1月21日，新四军兼山东军区与华中军区合编为华东军区，山东野战军与华中野战军合编为华东野战军。新四军番号至此撤销。华东野战军司令员和政委陈毅兼，副司令粟裕，副政委谭震林，参谋长陈士榘，政治部主任唐亮，副参谋长刘先胜、张元寿，政治部副主任钟期光。野战军下辖第一、第二、第三、第四、第六、第七、第八、第九、第十、第十一、第十二共11个步兵纵队和1个特种兵纵队。其中由新四军部队组建与发展起来的有：第一纵队、第二纵队、第四纵队、第六纵队、第七纵队、第十一纵队兼苏中军区、第十二纵队兼苏北军区、特种兵纵队。整编后华东军区、华东野战军共有部队42万余人，其中野战军29万余人。为坚持和加强华中地区的斗争，1947年9月又成立华中指挥部，统一领导指挥第十一、第十二纵队及苏中、苏北军区所属军分区。还以华中野战军第九纵队第七十七、第八十一团和第七军分区骑兵大队、洪泽湖大队组成淮北支队，返回淮北地区开展游击战争。淮南支队率部挺进淮南敌后开展游击战争。

    除在华东地区的新四军部队，在解放战争中得到发展壮大外，在中原地区突围的原新四军第五师部队也得到恢复与发展。突围至豫陕鄂地区的部队8000余人，组成晋冀鲁豫野战军第十二纵队。1947年12月，第十二纵队改为重建的中原军区江汉军区。原第五师的其他部队分别编成桐柏军区、鄂豫军区。

    赴东北执行任务的原新四军第三师部队在1946年1月14日，编入东北民主联军序列。后于1947年11月整编为东北野战军第二纵队和第六纵队第十六师、第七纵队第十九师等部。

    1949年1月15日中共中央军委发布命令，全军统一整编。华东野战军于1949年2月9日改称第三野战军，司令兼政委陈毅，副司令兼第二副政委粟裕，第一副政委谭震林，参谋长张震，政治部主任唐亮、副主任钟期光，后勤司令部司令兼政委刘瑞龙。

    此外原在华中地区的一些地方军区、地方武装也得到很大的发展。重新组成了皖北、苏北军区，筹建了苏南、皖南军区，并组建了12个警备旅，隶属于各军区。北撤时留在浙东、苏南、皖南沿江地区的游击武装，都在极为艰苦的环境中，长期坚持斗争，并在斗争中不断地得到发展。他们在苏南建立了新四军苏浙皖边支队，在浙东继续打出新四军浙东游击纵队旗号，重建了“三、五支队”，在皖南恢复了新四军沿江支队，部队发展到3000余人。他们在国民党严密统治的心脏地区坚持不屈不挠的斗争，牵制和打击国民党军，紧紧依靠人民，独立自主的发展壮大自己。

    从1937年10月新四军组建起，至1949年10月新中国成立时止，从开始的1万人发展成为中国人民解放军12个野战军和一部分地方军区，共约40万余人，为中华民族解放事业和建立新中国作出了巨大的贡献。