1946年1月10日，国共双方在重庆签署了停战协定，13日24时，遵照协议双方停止了一切战斗行动。为了监督停战，调处在停战中发生的冲突，14日，在北平成立了由国民党政府代表郑介民、共产党代表叶剑英、美方代表罗伯逊及工作人员组成的军调处执行部。月底，由全国各党派代表和无党派代表38人参加召开的政治协商会议，通过了关于废除一党专政，实行民主改革，保卫国内和平等五项协议。同时还进行了划定停战线，整编军队和改组政府等问题的谈判，并达成了整军方案。

    中共中央华东局和新四军兼山东军区，坚决遵照中共中央指示和中央军委的部署，立即命令各地各部队停止战斗和破坏交通，就地坚守阵地，集结整训，进行和平停战教育。2月15日，中共中央华东局发出了《百日练兵工作的指示》，进行3个月的练兵运动。

    蒋介石对实行政治改革，走和平建国的道路毫无诚意，而把停战协议当作准备发动内战和欺骗人民的外衣。1946年2月10日，派出特务捣毁在重庆校场口庆祝政协成立大会，打伤郭沫若、李公仆等爱国民主人士。镇压全国各地举行的反内战群众游行，秘密逮捕、暗杀进步人士，制造了“南通惨案”。在军事上进一步调整指挥系统和兵力，在东北强占中长铁路沿线的大中城市。在华东，成立了徐州靖绥公署和南通、济南、贾汪三个绥靖司令部，将陇海路以南的15个军整编为整编师，以完善内战作战体制。同时利用地痞流氓、散兵游勇以及地主还乡团、保安队，不断向解放区骚扰和蚕食。

    新四军兼山东军区和华东各地的党政领导机关，严格遵照中共中央的指示，从维护和平的大局出发，力避冲突，并对国民党军蓄意制造事端、破坏停战协定的行动进行公开揭露和抗议。3月2日，军事三人小组张治中、周恩来、马歇尔来到华东地区作停战后的实地考察。陈毅、黎玉、叶飞至济南，向三人小组汇报山东各地国共冲突的情况，有理有据的揭露了国民党大肆起用伪军，通过铁路运兵向解放区进攻的真相，接着陈毅陪同三人小组至徐州，听取了粟裕、谭震林的汇报。

    在军事上，新四军对国民党军和伪军的蚕食进攻，进行坚决的反击。在华中地区，将部署在陇海路沿线的第六、第八、第九纵队，南调至苏中高邮、邵伯、海安一线和淮北灵璧地区，担任南通至扬州一线的防务和对徐州以南津浦路之警戒。为了迎击国民党军可能对苏中地区的大举进攻，中共中央华中分局和华中军区，在苏中地区积极进行土地改革，并于4月底和5月上旬，对作战部队进行扩编。以第六纵队与苏中军区独立旅，在高邮地区扩编为第六师，辖第十六、第十八两个旅。在如皋地区扩编为第一师，辖第一、第三两个旅。以华中军区第五军分区4个团和华中解放第四军合编为第十纵队。6月初，将在山东的第二纵队第五旅调回淮南，与第六旅、独立旅组成新的第二师兼淮南军区。上述部队编成后，华中军区、华中野战军作战部队扩大，拥有3个师、3个纵队、7个旅共35个主力团约5万人，野战作战能力和机动性有了提高，为粉碎国民党军对华中解放区的大举进攻创造了条件。

    在山东地区，山东野战军于6月7日发起讨逆战役，攻克枣庄等据点30余处，控制胶济铁路200公里及津浦路济南南北段400公里，大大改善了山东地区反对国民党军进攻的战略态势。战役期间，罗炳辉亲赴枣庄前线，因过度劳累，在1946年6月21日返回临沂军部途中，突发脑溢血，在兰陵逝世。

  中共中央华东局、新四军兼山东军区，还组织解放区群众开展生产和减租斗争，贯彻中共中央《五四指示》，进行土地改革，没收地主的土地分给农民，在农村打倒封建势力，使广大农民在政治上翻了身，在经济上得到土地，从而极大地调动了农民的积极性。广大翻身农民，为了保卫土地、保卫家园，踊跃参军支前。