1941年1月初皖南事变发生，冯达飞在突围时被敌人的子弹击中大腿，紧急处理后，由战士架着突出重围，在南陵县南村保的一户人家隐蔽养伤。此时，国民党顽固派正在四处搜剿新四军的残余力量。冯达飞的腿伤愈合后，日夜想着渡江北上，与同志们汇合。于是，他通过南村保的养伤人家在村里找到一位农民帮他送信。他想让组织派人到南村保护送自己到江北，同时组织收容散落在皖南的新四军离散人员。谁知送信的农民在到达繁昌县境内时被自卫队的一个哨兵盘获。国民党繁昌县政府密派便衣队员星夜前去抓捕，不料国民党中统局的特工先一步将冯达飞逮捕。
    冯达飞，字洵。广东省连县东坡（今连州市东陂）镇人。黄埔军校一期毕业生，中共党员。1934年参加长征。1938年调新四军皖南军部，历任教导总队教育长、副总队长、新四军二支队副司令员等职。
    冯达飞被押送到了上饶集中营。很快，嗅觉灵敏的第三战区司令部的情报部门弄清了冯达飞的身份，向第三战区司令长官顾祝同做了汇报。顾祝同知道冯达飞是蒋介石的学生，不敢擅自作主，就赶紧打电话向蒋介石报告。蒋介石一听冯达飞被捕，就对顾祝同说：“你立即派人去狱中劝降。”顾祝同想了一下，派什么人去呢？有了，他拿起电话，把邓文仪喊了过来。邓文仪是第三战区政治部主任，也是黄埔生，是冯达飞的校友，由他去劝降最合适不过了。谁知，冯达飞一见到邓文仪就知道他来的用意，主动开口说：“你也不用费口舌了，你既然晓得我是黄埔军校毕业的，那我反对蒋介石并不是盲目的；我到过苏联，我也晓得共产主义是怎么回事。我们还有什么可说的呢？”邓文仪在劝降前已经知道冯达飞在狱中的表现，他在狱中居然开设马列主义讲座，被狱友称为“冯老师”。邓文仪知道劝说无用，临走说了句：“那你好自为之吧。”
    一天，一个特务走进牢房，递给冯达飞一张纸，冯达飞接过来一看，是“悔过书”，他双眉紧蹙着往下看：我等受共产党欺骗，误入歧途，现表示悔过，从今以后与共产党脱离一切关系。看完后，冯达飞盯着来人说：“这是‘悔过书’吗？这就是投降书！”特务说：“冯司令，管他什么书，只要你在上面签上名字，你立马可以出去”。冯达飞看着对方，将手里的“悔过书”一撕两半，平静地反问道：“你说说看，我们新四军打日本鬼子有什么过要悔的吗？”特务被问得无话可说。
    顾祝同一直关注着冯达飞的态度，一计不成，又生一计。他又派张超亲自去劝降。张超原是第三战区司令部情报室少将专员，也是黄埔军校毕业生，与冯达飞也是校友，一直从事特工行当，是戴笠的得意门生，当时任上饶集中营主任。那天下午，张超走进冯达飞的牢房，一个随从对冯达飞说：“冯司令，张专员亲自来看你了。”张超一边伸出手，一边说：“老同学，你还好吗？ ”冯达飞知道张超的到来并非跟他叙同学之谊，于是他坐着没有起身，也没有伸手。张超看出冯达飞的态度，知道他也不可能完成司令长官的任务了。于是说：“冯将军，你是一个军事教头，又是一个纵队副司令员，新四军违反军令你也应该有一部分责任吧。”他看着冯达飞，拿出一支烟递给他。冯达飞烟瘾很大，看着递过来的烟，强忍着自己的烟瘾，没有接他的烟。张超把伸出去的手又收了回来，自己抽了起来。他又说开了：“委座和顾长官宽大为怀，也很赏识将军的才干，特地把你送到这里来静思反省。你的老同学邓文仪也和你说过，校长对黄埔的学生是很宽容的，只要你悔过自新，发表个声明，宣布脱离共产党，他将推荐你为三战区政治部少将副主任。你看……”听到这里，冯达飞忍不住说：“你们口口声声说我们违反军令，这不是事实。事实是，我们根据你们的要求，按照你们指定的路线渡江北上抗日，而你们却对我军突然袭击，用重兵包围我们，打死打伤我们那么多战士。你们的这种行为……”
    张超的脸涨得通红，没有回答冯达飞的话，只是很不耐烦地说：“我只问你一句，你到底签不签这悔过书？”
    冯达飞说：“我们新四军一心抗日救国，一不投降二不卖国，有什么过可悔？”张超站了起来，一边往外走一边说：“顽固不化，真是顽固不化。”身边的特务王锡恩看出长官已放弃冯达飞了，就派人把冯达飞押到茅家岭。
    1942年6月，日军进攻浙赣线，国民党急于逃命，在8日的那个漆黑夜晚，他们把冯达飞押到茅家岭雷公山麓，将其秘密杀害。这年，冯达飞41岁。