1939年2月，方毅以中央派出的4个社会调查小组之一的组长身份进驻盱眙，建立抗日根据地。
一年后的4月，殷森和王宇、张焰等同志，随盱眙县第一任县长余纪一也来到了盱眙。
那时方毅25岁，参加革命的时间已逾10年，任职也在团级以上，完全符合结婚的条件。但是，由于戎马倥偬，转战千里，又在敌人的监狱里度过了3年铁窗生涯，方毅连女朋友也没有谈过。时任苏皖省委书记刘顺元和夫人鲍有荪就开始为方毅的婚姻大事操心，准备在革命队伍中为他物色合适的对象。后经鲍有荪、周希介绍，方毅与殷森加深了交往。
年轻时的方毅
在半塔集喜结连理
殷森的父亲殷蕴元，曾追随孙中山从事反清革命斗争。“九一八”事变后，东北沦陷，后又成立了伪“满洲国”。殷蕴元不愿当亡国奴，于1936年举家迁回安徽原籍。殷森曾在吉林省立女子中学读书，为人谦虚谨慎，性格内向，说起话来有些腼腆。
大约在1940年10月，周希分别征询了殷森和方毅本人的意愿，还特地向方毅转达了刘顺元、鲍有荪已“看中”殷森的意思。其实，在此之前，方毅和殷森也彼此认识，虽然没有直接的工作关系，但是方毅对殷森的表现也有所闻。在路东抗日根据地的党政军领导干部中，数方毅最年轻，也尚未结婚，殷森也知道。当时，他们两人年龄、学历相当，尤其是志同道合，有共同语言，相互之间蕴藏着爱慕对方的潜意识。然而，由于当时的艰苦环境和战乱年代，加之双方职务和革命经历的差异，彼此又都没谈过恋爱，所以，谁也没有勇气直接向对方表明或暗示爱慕之意。自从周希为他们牵线后，方毅和殷森经过一段时间交流，在加深了解的基础上，谈得情投意合。就这样，双方就很快确定了恋爱关系。
他们的结婚申请，很快获得路东省委的批准。当年11月7日“十月革命”纪念日，方毅和殷森喜结连理，由刘顺元安排，在省委机关举行了一个简易的新式婚礼。
方毅和殷森的“洞房”是方毅先前居住过的一间旧房，离省委机关院子不远，紧靠半塔集西南角的炮楼下面。这间平房本来是过去驻守炮楼士兵的营房，半塔保卫战期间，方毅曾在这座炮楼上观察敌情和督战。而今把方毅原来的住房布置成他们结婚的新房，就在单人床边沿上加宽了一块木板，并在上面铺些稻草和两人的单人褥子，然后铺盖上两条洗干净的灰布单人床单，上面整齐地叠放着各自的灰布棉被。“双人床”一侧摆放着一张长方桌和一条长板凳。床头顶端用土坯砌起来一个矮平台，原先在上面摆放着方毅的两个不大的铁皮箱，里面装满了他珍爱的书籍、地图和电筒、蜡烛，以及换洗衣服。如今平台上多放了一个殷森的手提行李袋。这就是他们的全部家当。
方毅和殷森结婚既没有“蜜月”也没有婚假，第二天就各自投入了紧张繁忙的工作。结婚不到一个月，方毅就撇下新婚的妻子，前往天长县张铺镇、盱眙县葛家巷等地考察调研，为路东联防办事处和省委机关选址。随后方毅和刘顺元就率领联防办事处和省委机关人员从半塔集迁到了葛家巷。葛家巷是张铺镇西面的一个山区小集镇，省委机关和联防办事处分驻在集镇附近的两个村子。此时殷森仍在省委宣传部工作。
联防办事处迁驻葛家巷后，方毅就成天忙于召开路东第一届临时参议会的工作。会后不久，邓子恢奉调去淮北抗日根据地工作，路东联防办事处的工作由方毅全面负责。方毅全身心投入，整天忙得昏天黑地。虽然他和殷森的工作地点相距咫尺，但是方毅三天两头要深入到各县、区、乡了解情况，检查工作，因而连妻子怀孕也无暇关照。
方毅（后排左2）在盱眙
六天幼子托乡亲
“皖南事变”之后，日伪军把军事进攻的目标集中指向新四军及其所属各根据地，经常发动残酷的扫荡。特别是毗邻日伪巢穴南京的天长地区，日伪军每次对路东根据地的扫荡，这里首当其冲，直接威胁到党政领导机关的安全。当时，殷森将要临产，区党委决定不让她随同区党委机关迁到时家集，而临时把她安排在半塔中心区委工作。
1943年春节前后，淮南根据地大雪纷飞，天寒地冻。日军乘机从嘉山、来安一线增兵，阴谋策划从西向东扫荡淮南根据地。这时，殷森即将分娩，特别需要有一个比较安全的家。为此，半塔中心区委专门与杨言德商量，由半塔合作社在许港织布厂里为殷森腾出一间房子待产。1943年1月22日，方毅和殷森的第一个孩子就在这里平安地降生了。
这个男孩的出世，给年轻的父母带来了无限的喜悦。但是，在敌后坚持抗战的艰苦环境中，怎样抚养这个孩子，确实是方毅和殷森面临的棘手难题。最后还是决定把孩子寄托在当地群众家中喂养。半塔中心区的马厂乡一个小村子，村里只有两户人家，一户是杨言德的内弟家姓王，还有一户是民兵小队长冯国英。冯国英妻子王树华，是乡妇抗会会长，家里还有50岁的婆母和9岁的女儿。商得王树华同意，孩子就放在她家喂养。孩子出生后第6天，王树华夫妇冒着大雪，趁着外面行人稀少，一大早就来到织布厂殷森的住处，略作寒暄后，迅速把孩子襁褓包裹好，放在她丈夫的大棉袄衣襟里，沿着山间小路抱回家。当时，殷森和方毅连孩子的名字都还没来得及想好，还是王树华夫妇替孩子起名“来成”，寓意孩子出生在来安，平安成长。后来一直沿用了这个名字。
为了养活这个孩子，王树华夫妇费尽心血。他们抱着孩子到庄前、庄后讨奶水，还把逃荒来的有奶水的妇女留下，供她饭吃，让她给孩子喂奶。有一年夏天，孩子得了病。殷森去看他，只见王树华夫妇一个给孩子摇扇子，一个舀西瓜水，一勺一勺地喂……见到这动人的场景，殷森眼中满含热泪，喃喃地对孩子说：“你长大了，要记住啊，要记住啊！”
方毅和殷森的第二个孩子是个女儿，1945年夏在半塔集出生。俗话说，一儿一女一枝花，而且，这个孩子出生在中国人民八年抗战即将胜利的前夕，犹如一朵初春绽放的报春花，为她的父母带来了胜利的希望和喜悦。但是，在那艰苦的战争环境中，肩负重任的父母要自己喂养孩子谈何容易！他们考虑再三，仍然不得不在孩子出生后50天，就送到嘉山县涧溪的一位区干部家中喂养。
难忘第二故乡
抗日硝烟弥漫淮南，战乱盱眙贫困潦倒，从殷森的日记里，其艰苦岁月也可窥见一斑：
“6年的盱眙岁月，是在战火纷飞的日子里度过的。淮南、盱眙父老与我们同生死、共患难，用自己的汗水心血，滋润我们年轻一代，抚育我在革命征途上成长。6年，在人生的征途上虽然只是短暂的一瞬，但淮南、盱眙父老，却为我们留下了多少充满深情厚谊的难忘印象啊！每一念及，在工作中，就产生了新的动力，投入新的战斗。”
1945年9月22日夜晚，殷森带着两个孩子，随同淮南行政公署的一批干部，从时家集驻地出发，乘机帆船过洪泽湖经淮安前往淮阴。那天是中秋节，扬帆在洪泽湖上时，正是中秋佳节月明之夜，月光皎洁。殷森在日记中写道：
“当我们扬帆在烟波浩渺的洪泽湖上的时候，正是八月中秋。皎洁的月光，映照着清澈的湖水，迎面飘来荷花、菱叶的阵阵清香。这一片水晶般的世界，不由得让我想起古人的‘举首望明月，低头思故乡’的诗句。我的第二故乡，就是我曾在那里度过6个春秋的盱眙，水天茫茫，我不禁暗暗祝愿：盱眙，盱眙！革命红旗永远飘扬吧！告别了！您的儿女有朝一日会回来看望您的！”
在盱眙这段烽火岁月里，方毅同志历任苏皖边区政府副主席，中共中央华中分局委员，华东财政经济办事处副主任。主要负责华东地区财政经济工作，在后勤、人力、财力、物资供应上，做了大量组织领导工作，从而保证了我军粉碎日军和国民党反动派的进攻，从战略防御转为战略进攻，为淮海战役的全面胜利，立下了不可磨灭的功勋。