1937年12月日军南京大屠杀期间，身为栖霞寺主持的寂然法师怀着大慈悲之心，毅然打开寺门，设佛教难民收容所，接纳2.3万难民达4个月之久。他像二战中保护犹太人的德国商人辛德勒一样受人景仰，被誉为中国的“辛德勒”。
主动打开寺门接纳难民
1937年12月13日清晨，经过4天苦战，中国守军败退，日军分六路攻入南京主城区。一部分难民无路可逃，涌向了矗立在栖霞山南面的栖霞寺，没来得及逃脱的军人也脱掉军装，加入逃难的人群中。安静的栖霞寺一下子喧嚷起来，难民痛苦的求助声、孩子凄厉的哭声、伤兵的呻吟声，充斥在寺院内外。
栖霞寺主持寂然法师没有犹豫，立即打开寺庙大门，给这些可怜的生命提供生存的机会。于是，寺庙的前殿后厅挤满了饥寒交迫的难民，为了尽量躲避寒冷，有的难民甚至躲进了寺庙千佛岩的洞窟里。
面对这么多的难民，寂然法师没有一句怨言，在大本、志开二位法师协助下，于寺中设佛教难民收容所4个月之久，与日军斗智斗勇救护了2.3万难民。当时有些僧人提出不同看法，寂然法师鼓励众僧：“如今国难当头、众生有难，应当学习阿弥陀佛的四十八愿普度众生，应当学习观音菩萨的慈悲精神为我中华寻声救苦。”
2003年，栖霞寺内挖出石碑。其中有两碑刻着题为《寂然上人碑》，上面真实描述了当时救助难民一事。“民国二十六年七月，卢沟桥事起，烽火弥漫，旋及沪京。载道流亡，惨不忍睹。上人（指寂然法师）用大本、志开两法师之建议与相助，设佛教难民收容所于本寺。老弱妇孺，护救者二万三千余人，日供两餐，时逾四月……”
掩护抗日将领脱身
在避难的两万多难民中，有200多人是抗日军人，其中官职最高的是国民党第二旅中校参谋主任廖耀湘。他当时是日军全城搜捕的对象。
廖耀湘的到来给原本就不平静的栖霞寺带来了更大的危险，引起了寺里争议。寂然法师知道两万多名难民已经让栖霞寺承受了巨大的压力，而收留抗日官兵，无疑更增添了风险。一旦被日本人发现，所有避难民众与僧人都将性命难保。
寂然法师把廖耀湘等藏到了藏经楼里，不让他们出来，每天亲自给他们送饭。但为了寺里其他难民们的安全，廖耀湘必须离开。寂然法师多方努力，联系上当时江南水泥厂难民营的辛德贝格与京特，偷偷将廖耀湘用小船送到了江北。
1945年抗战胜利后，廖耀湘重游栖霞寺感谢众佛门弟子的救命之恩，并且题下了“凯旋，与旧友重还栖霞”条幅。
派佛家弟子冒死下山筹粮
日军多次袭扰栖霞寺，面对敌人的残暴，寂然法师义愤填膺，他记录下了日军在栖霞寺内所犯的种种丧尽天良的罪行，他将这份有20位知名人士代表难民签署的信件，转交时任南京安全区国际委员会主席的拉贝先生的手中，这封《以人类的名义致所有与此有关的人》的信件，成为揭露日军在南京所犯罪行的铁证，收入《拉贝日记》。
寂然法师的信件，惹恼了日军军官，他们要求寂然法师解散难民所。而此时栖霞寺面临的还不只是被解散的危险，2万多难民使原本粮食储备就不多的栖霞寺面临着断粮的危险。不仅如此，被日军打伤的难民也需要医药救治，这一切急坏了寂然法师和他的师兄弟。
寂然法师号召僧人一日两餐，以减少饮食，保证给难民供应一天两餐的稀粥。他亲自采来草药给伤者疗伤。他说：“修行之法，日食两餐，补济饥饿，救难民生命为第一修行大要。”
当时寺里有1000多亩良田，当家和尚把寺里所有的粮食都拿出来，可2万多人吃饭还是个大问题。寂然法师派佛家弟子下山筹粮。月基法师带着弟子进城，在静海寺一带千方百计从日本人手里拿到一点粮食和药品。靠着一口流利的京都口音的日语，月基法师成了难民营的外交官。但这个工作的危险性相当大，有一次月基法师带着四个弟子出去搞药材，结果只回来了两个人。
直到1938年3月，日本在南京结束了屠杀行为，2万多难民离开了栖霞寺，寂然法师才关闭栖霞寺难民所。但由于积劳成疾，1939年10月12日，寂然法师溘然病逝。
法师一生，爱国爱教，济世救民，于艰苦极深之际毫无退缩，铁肩负厄处之怡然，实为佛门楷模。为缅怀先辈懿德，抗战胜利重逢甲子之期，栖霞寺敬造法师铜像，望先师觉灵不泯，笑看盛世凤华，默佑苍生；亦告我同胞，毋忘国耻，励精图治，振兴中华。
附：《以人类的名义致所有与此有关的人》
至此，我们向您简要汇报该地的情况及本寺庙所遇到的骚扰。
南京沦陷以来，每天都有数百人逃至我庙寻求保护，要求安置。我写此信的时候，寺庙里已聚集了2.04万人，大部分为妇女和儿童，男人们几乎都被枪杀或被掳去为日本士兵当苦力。
下面，我们扼要地列出日本士兵自今年1月4日以来所犯下的罪行:
1月4日：一辆载着日本士兵的卡车驶来，他们掠走了9头牛，并勒令中国人为其宰杀，以便把牛肉运走。与此同时，他们放火焚烧邻近的房屋以消磨时光。
1月6日:从河上来了很多日本士兵，他们抢走了难民的1头毛驴，并抢走了18个铺盖卷。
1月7日:日本士兵强奸了一位妇女和一个年仅14岁的少女，抢走了5个铺盖卷。
1月8日和9日:有6位妇女被日本士兵强奸。他们像往常一样闯进寺庙，寻找最年轻的姑娘，用刺刀威逼她们就范。
1月11日:有4名妇女被强奸。喝得酩酊大醉的日本士兵在寺庙内胡作非为，他们举枪乱射，击伤多人，并损坏房屋。
1月13日:又来了许多日本士兵，他们四处搜寻并掠走大量粮食，强奸了一位妇女及其女儿，然后扬长而去。
1月15日:许多日本士兵蜂拥而来，把所有年轻妇女赶在一起，从中挑出10人，在寺庙大厅对她们大肆奸淫。一个烂醉如泥的士兵晚些时候才到，他冲入房间要喝酒、要女人。酒是给他了，但是拒绝给他女人。他怒火冲天，持枪疯狂四射，杀害了2个男孩后扬长而去。在回到火车站的路上，他又闯进马路的一间房子，杀害了一位农民70岁的妻子，牵走了1头毛驴，然后纵火把房屋烧了。
1月16日:继续抢劫、奸淫。
1月18日:盗走了3头毛驴。
1月19日:日本士兵大闹寺庙，砸坏门窗和家具，掠走7头毛驴。
大约在1月20日，开来了一支新的队伍，换下栖霞山火车站的岗哨。新来部队的指挥官是个少尉，他心地较好，自他来后，形势明显好转。他在寺庙内设了一个岗，哨兵努力把专来捣乱、偷窃和抢女人的士兵拒之于寺庙大门之外。因此，我们害怕，一旦这位少尉撤离此地被派往别处，原来可怕的情景会重新出现。所以，我们请求你们，不管是谁，只要能帮助我们阻止重现这种惨无人道的残暴行径即可。安置在我们这儿的难民百分之八十已失去了一切，他们的房屋被毁，牲口被杀，钱财被抢。此外，许多妇女失去了丈夫，孩子没有了父亲，大部分年轻男子遭到日本士兵的杀害，另一部分则伤的伤，病的病，躺在这里缺衣少药，谁也不敢上街，害怕被杀害，而我们还只剩下少量的粮食储备。我们的农民既无水牛又无稻种，怎能春耕播种呢？
在此，我们所有签名者再次恳请您的帮助。
栖霞山寺庙
1938年1月25日