研究新四军对日作战，不能不研究指挥这支雄师的“头脑”机关——新四军司令部。纵观八年抗战，新四军司令部在军首长直接统驭下，运筹帷幄，调兵布阵，转战华中，血染疆场，功绩显赫，形成了诸多独具特色的指挥中枢。
注重政治建军 强化听党指挥的军魂意识
新四军成军之初，作为其军事指挥中枢的司令部机关也随之组成。虽然初创时只有几个人，但党中央和毛泽东主席十分重视选拔忠于党，经过战争考验的红军干部担任司令部负责人。新四军初创时工作千头万绪，其领导人十分重视加强政治建设，既坚持国共合作、共同抗日大局，又冲破国民党顽固派设置的樊篱，锻造司令机关听党指挥的军魂意识。
锻造党指挥枪的军魂意识，从性质上确保司令部政治坚强。新四军组建之初，司令部领导就清醒地认识到，尽管这支部队的番号是国民革命军的，军长是国民党委任的，部队穿戴的是国民党军服、帽徽，吃的用的也有部分靠国民党保障，但这支军队是中国共产党领导的军队，一切行动必须听从党中央、中央军委指挥。司令部在叶挺军长、项英副军长的指挥下，在首任参谋长张云逸的带领下，组织南方红军游击队下山整编，有理有节地拒绝国民党军的控制，组织战略展开，发展抗日武装，创建根据地等等，面对纷繁复杂的斗争，始终保持清醒头脑。皖南事变后重建司令部，在赖传珠参谋长带领下，一切按党中央、中央军委指示办事，坚决服从陈毅代军长、刘少奇政委指挥，聚拢部队，整军肃伍，转战敌后，粉碎日伪顽夹击，巩固根据地，渡过最艰难的时期；直至组织部队实行战略反攻，夺取抗战的最后胜利。
进行不间断的政治教育，从制度上确保司令部政治坚强。新四军司令部十分重视各种制度建设，特别是坚持政治教育制度。教育中，紧紧围绕提高政治素质进行。首先，坚持党的观念教育，牢固树立司令部必须由党领导和一切听党指挥的观念；再者，进行革命理想教育，确立自觉地为共产主义事业奋斗终身的人生观和价值观，在任何艰难险阻面前不动摇、不退却；第三，不断进行人民军队宗旨和光荣传统教育，确立不怕流血牺牲，英勇作战，刻苦工作，全心全意为人民服务的观念，任何时候都要忠诚于党，成为政治方向坚定正确的战斗集体。
注重组织建设 锻造会打仗打胜仗的指挥中枢
刚建立时的新四军司令部，组织机构是沿用国民党军八大处的组织形式，下设参谋处、秘书处、军需处、军医处、军法处、副官处、后方政治处、军事法院。随后，组建留守处和兵站处。皖南事变后，新四军一改国民党军指挥机构设置方式，司令部下设参谋处，参谋处下设作战、侦察、通信、管理、队列（人事）、教育、机要七个科。1942年至1945年，为适应抗战形势发展，司令部从实际出发，适时创新编制体制，进行了三次调整。第一次是1942年，全国抗战进入最困难时期，华中根据地处境十分艰难，为适应反清乡、反扫荡作战指挥，打破日伪顽的进攻和封锁，在组织部队精兵简政、减轻人民负担的同时，精简司令部机关，撤销参谋处，将原七个科合并为四科一队，即作战科、侦察科、管理科、教育科和通信总队，由参谋长直接领导。第二次是1945年1月，中国抗战和世界反法西斯战争进入反攻阶段，司令部为适应全面反攻作战需要，恢复参谋处，下设四科一室，即第一科、第二科、第三科、机要科和调研室。第三次是1945年10月，即抗战胜利后，新四军北撤山东，新四军军部兼山东军区机关。为适应即将到来的解放战争的大兵团作战指挥，司令部进行了整编，设参谋处、情报处、通信分局、调研室、炮兵司令员。其中参谋处设作战、机要、管理三个科，情报处设一、二、三科，通信分局设一、二科。尤其是增设了炮兵司令员，加强了对特种兵作战的指挥。司令部就像一部大机器，设置日渐科学，装配日臻精密，运转日趋自如。
事实上，司令机关体制变化，从初创到科学，坚持精干高效，会指挥、打胜仗的基本编成原则，确保作战和军队建设需要，成为协助首长组织指挥战役战斗和军事建设的高级智囊、得力助手。其最后形成的“部、处、科”的编制体制，基本沿用至当代人民解放军的司令机关。
注重人才培养 建立能参善谋的智囊团队
司令部参谋人员，主要由工农干部和参加革命的知识青年组成，经过军事学校系统培训的甚少。因此，司令部从创建之初，就重视参谋人员培养训练，着力建设能参善谋的智囊团队。
为加强司令机关建设，提高参谋人员水平，适应作战指挥需要，新四军于1938年、1939年两次召开参谋工作会议。叶挺军长、项英副军长亲自做报告，传授经验，强调“参谋处就是指挥机关”。参谋长张云逸参照《苏联红军野外教令》做专题报告，提出司令员“像人的头脑一样”。为了提高参谋人员军事素质，专门成立了军事教育委员会，编写军事教材，组织参谋人员学习。司令部针对这支部队过去都在山区坚持游击战，现在转入平原水网地区进行抗日作战，面临新的作战对象和作战环境，为使参谋人员尽快适应这一变化，积极组织军事整训。副参谋长周子昆作教育训练专题报告。一是从军事理论上教育。组织学习抗日游击战争的理论和实践。将毛泽东《论持久战》等重要文章，印发全军作为教材，同时组织学习八路军游击战的经验，使参谋人员确立在平原水网地区开展敌后游击战和建立根据地的思想，积小胜为大胜的持久战思想，以弱胜强的人民战争思想。二是从战术上培养。组织开展敌后游击战的战术技术训练。在战术上，重点进行单兵到班的训练；在技术上，进行射击、投弹训练。要求参谋人员研究日军战术，提高自身战术素养；要求战士学会使用手中武器，熟练各种战斗动作，提高杀敌本领。三是从制度上养成。先后建立一系列的统一的规章制度，使司令机关按条令条例办事，使部队逐步走上正规化，确保全军步调一致。主要有值班、汇报、通报、巡视、会议、报告、检查等制度。为培养参谋人员，叶挺军长亲自上课，到操场指导演练，检阅部队。项英副军长以身作则，带头出操，带头学军事。张云逸参谋长和周子昆副参谋长，率领司令机关分头到部队检查指导，发现问题，及时解决，言传身教。这些都有力地提高了参谋人员和部队的军事素质。此外，组建教导总队，大量培训机关和部队的指挥人才。在教导总队设立参谋训练班，通过理论学习，再让他们去部队巡视，在实践中锻炼；设立见习参谋制度，工作中“给他以原则，信任他自己负责去做”，从实际工作中培养参谋工作能力，“养成各参谋都有战略、战术的头脑”。
重建军部后，陈毅代军长要求司令部“成为正规兵团有效的首脑机关”，要求下狠力培养参谋人员。司令部培养参谋人员的主要途径是：与部队指挥员进行交流、下部队代职、进行参谋集训、设立见习参谋制度、进行在职培养。司令部在频繁的作战中，利用一切可以利用的机会，按照上述方法培养参谋。尤其是利用部队整训、总结作战经验、组织召开军事（作战）会议等机会，选调一些有实战经验的部队优秀指挥员到司令部任参谋，并组织参谋人员结合工作向部队学习，在实践中锻炼。因此，具有较高谋略水平和综合组织指挥能力的高层次参谋人员逐步成长，出现了一大批优秀的参谋人员。他们成为协助首长指挥大军转战华中，不断取得战役战斗胜利的智囊人才。
司令部通过在职学习、集中培训、代职交流，为参谋成才拓宽路子，造就了一批智囊人才，他们自觉地从适应作战需要出发，努力拓宽知识面，“懂得军事谋略和指挥艺术”，认识战略问题；精通参谋业务和熟练使用作战指挥工具；掌握科技知识和自然常识；具有带兵经验、教兵方法、管兵艺术和广博历史知识；“养成负责的自动的创造的和科学的精密的迅速的作风”；懂得系统的收集情报和判断情况的方法；懂得每个战斗组织的次序与方法，知道每个战斗后的检阅与工作方法以及解决各问题的原则。这些智囊团队，协助首长指挥部队打大仗、打恶仗、打胜仗，起到了至关重要的作用。
注重战法研究 提高善于决断的指挥艺术
军事工作是部队的核心任务、中心工作。高超的军事指挥艺术是司令部的天职。锤炼司令机关通观全局、临机善断的指挥艺术，是司令部充满活力、具有战力的必备条件。
首先，研究战略指导，锤炼司令机关着眼从战略上思考全局的能力。新四军组建初期，国民党当局别有用心地将其部署在利于掌控的皖南山区狭窄地带，难于战略展开。司令部运筹帷幄，贯彻毛泽东主席 “向东作战，向北发展，挺进敌后”的战略方针，协助军首长指挥部队向大江南北战略展开，派遣先遣队到苏南进行战略侦察。随后，组织第一、第二支队挺进苏南，建立了茅山根据地，乘势扩展至东路地区，占领京（宁）沪铁路沿线；指挥第三支队转战皖南沿江地带，同时部署第四、第五、第六支队于皖中、皖东、豫皖苏边区，扩大武装，组织游击战争，建立基地；再将苏南部队北移长江以北的苏中，活动于洪泽湖地区，为主力部队挺进苏中、苏北奠定根基；指挥豫鄂独立游击支队活动于鄂豫皖地区，在中原地区插入一颗楔子。皖南事变后，新四军根据战略任务需要，全军整编为七个师一个独立旅，主要部署在苏南、苏中、苏北、淮南、淮北、皖江和鄂豫地区，扼控长江和津浦铁路以及陇海铁路两侧敌后地区，北与山东的八路军战略配合，广泛发动群众，建立根据地，壮大抗日武装力量，实行持久抗战。司令部从参谋长到机关，创新研究战略，创新谋划战役战斗，既与日伪军进行殊死战斗，又不断反击顽军摩擦，积极开展统战工作，使抗日斗争有理有利有节。
第二，研究战役战斗指挥，锤炼司令部高超的指挥艺术。针对敌强我弱的战略态势，实施因敌制宜、因地制宜的战役战斗指挥，取得了一系列的重大胜利。首战蒋家河口，打响了新四军挺进敌后第一仗；江南首战韦岗战斗，运用伏击战，一举获胜；夜袭新丰火车站，中断京沪铁路；反击顽军大规模进攻的半塔集保卫战，创造了以少胜多、以弱胜强、固守待援的范例；打开华中抗战新局面的黄桥战役，先歼强敌独立第六旅，迫敌不敢轻举妄动，然后文武兼用讨伐李长江，迫敌弃城而逃；揭开华中敌后大反攻序幕的车桥战役，创造了新四军抗战以来俘获日军最多的战绩，使苏中、苏北、淮南、淮北四块根据地连成一片；铲除日伪军最后一个据点的高邮战役，运用武力强攻、火线喊话，迫使日军岩崎大佐献刀投降；扭转解放战争初期南线战局的苏中战役，集中兵力，各个歼敌，探索了大兵团运动中速战速决的宝贵经验，为丰富毛泽东十大军事原则理论提供了依据。
第三，研究创新战法，锤炼司令部灵活运用制敌胜敌的新战法。研究战法、创新战法是制胜之道。新四军司令部针对作战对象、作战地域、作战规模的变化，研究和创新了许多根据敌情、我情、民情、地形、天候和战局发展变化，因敌制胜的作战法则。许多创新战法，在实战中不断得到检验，通过军事首长的逐步总结、提炼，最后形成宝贵的军事理论。比如：对坚固设防之敌，正面佯攻，侧后包抄，选敌弱点，一举突破，然后纵深穿插，虎腹掏心，分割围歼；对远距离攻击目标，采用长途奔袭，快速运动，隐蔽敌侧，突然袭击，快速歼敌；对立足未稳之敌，采用猛打猛冲猛追，集中兵力，纵深穿插，分兵追堵，速歼逃敌；对来犯优势之敌，采用积极防御，选择险要，层层设防，待机歼敌；遭敌重兵包围，采用声东击西，佯作多路突击，以精兵打开缺口，突出重围。再如：敌进我进、敌退我进、敌集我散、敌大我避、敌小我欺；对大股扫荡的敌人，化整为零、时聚时散，随打随分，分散游击；对小股扫荡的敌人，化零为整，集兵歼灭；围点打援，攻其必救；牵牛鼻子，先游后击等等。特别是新四军副军长罗炳辉率领司令机关创新战法，总结出一套诱敌、迷敌、扰敌、纠缠、迟滞、阻击、伏击、奇袭、反击、歼灭等游击战术，诸如“火烧野牛”、“四两拨千斤”、“狼牙签与滚雷西瓜战”、“梅花桩战术”等，尤以“梅花桩战术”最为有名。这些创新的战法，都成为打击日伪顽军的杀手锏。
在八年抗战中，新四军司令部在军首长指挥下，新四军对日伪军作战2.46万余次、毙伤日伪军29.37万余人、俘日伪军12.42万余人，另有5.4万余名日伪军官兵投诚、反正；进行反顽作战3200余次，毙伤俘顽军官兵14.3万余人；创建8块抗日根据地，面积达25.3平方公里，人口达3420万，建立171个县以上政权机构，为中国人民抗日战争和世界反法西斯战争胜利做出了巨大贡献。