黄桥决战后，我军开辟了苏北（中）抗日根据地，足跨大江南北，直接威胁着敌在宁沪铁路和长江上的交通。日本侵略者不甘我军在其心脏——苏中地区建设抗日根据地，在沿江据点不断增兵，企图把我军消灭在立足未稳之际。顽韩德勤、中间势力李长江等部在我胜利进军之后，经日伪一再诱降和蒋介石“曲线救国”策动下，或动摇投敌，或加紧反共。我军虽然打开了苏北局面，但根据地建设还未展开，巩固苏中抗日根据地的任务还十分艰巨。
日伪顽汇成反共逆流
1941年1月皖南事变后，我苏北指挥部第二纵队于当年2月28日奉命改编为新四军第一师第二旅（旅长王必成，政委刘培善，参谋长杜屏，政治部主任陈时夫）。原第二、第九团，分别改编为第四团（团长段焕竞，政委郭猛）、第五团（团长池义标，政委吴嘉民）、第六团（团长李志民，政委罗维道），担任苏北机动作战任务。当新四军军部在盐城重建时，日军即加紧向我军各根据地进行扫荡，叫嚣要“完成皖南事变未竟之功”，妄图围歼我军部及我军主力，摧毁我苏中、苏北抗日民主根据地。
1月下旬，日军将原驻镇江地区的第十二旅团调至苏中沿江和运河沿线，并侵占了我黄桥镇，对黄桥以南地区进行扫荡。日军和汪逆还加紧诱降泰州地区的顽军李长江部。国民党顽固派韩德勤在蒋介石的统一部署下，准备在敌伪向盐城进攻时，从背后对我军进行袭击。日伪顽汇成的这股反共逆流，严重地破坏我开展苏中、苏北抗日民主根据地建设。
重拳出击粉碎日伪大扫荡
1941年2月15日，李长江率部在泰州公开投敌，改编为“反共救国军第一集团军”，配合日军向我进攻。我第二旅奉命配合第一旅发起讨伐李伪战役。二旅四团于2月19日进攻姜堰，避开李伪坚固设防，一举突入防御中心，歼伪指挥机关，然后回歼碉堡内伪军一个营。接着会同一旅歼陈庄地区李伪军。姜堰、陈庄守敌李伪被歼后，泰州城以东全无敌踪。20日晨，我第四、第五团攻击筑有坚固工事的泰州城，首攻未成。再次攻击，一举突破，歼灭伪李长江指挥部。李逆率部向北溃逃，我第四团跟踪追击，一营在港口歼李伪两个营，在回泰州途中又歼李伪一个营。此次战斗，二旅共毙伤俘伪军3000余名，缴获军用物资甚多。
当我发起讨伐李逆战役时，日军十七师团、南浦旅团7000余人于2月18日由扬州、黄桥、如皋等地同时出动，对我苏中地区进行大扫荡，乘虚侵占我海安、东台等城镇，进窥盐城。此时，韩顽乘机以三个团兵力侵占我盐阜区之洪家桥、蒋营、风谷村等地。
完成讨李战役后，我主力21日主动撤离泰州城，机动转移到盐城东南，东台以北地区，进行反扫荡作战。3月中旬，二旅五团在东台、海安一线频频出击，使敌不敢进入我中心区。四团及六团一部进袭钓鱼台，并积极向兴化以北地区发展，迫近沙沟，攻克中堡、北宋庄，歼伪军近三个营；在卢洲伏击日军巡逻艇，全歼日军一个小队，生俘日军一名。之后，以营为单位分散活动，打得敌人不敢出扰。与此同时，五团配合第三师在盐城与淮安间反击蒋营韩顽，经七天激战、全歼顽军第八十九军残部。5月上旬，军首长为保卫盐城，决定第二旅归军部直接指挥，并准备在刘庄、伍佑、冈门地区阻击进犯之敌。五团一部进入三仓镇以西活动，打击东台、安丰出扰之敌。
由于苏中、苏北地区军民密切配合，相互支援，予敌严重打击，迫使敌将扫荡苏中地区的兵力北调盐阜，从而粉碎了敌伪对我苏北、苏中地区历时近两个月的大扫荡。
巩固发展抗日民主根据地
粉碎敌伪大扫荡之后，二旅于1941年10月进入盐城、建阳、兴化地区，担负保卫军部，开展游击战争，进行根据地建设等项任务。旅部率四团在盐城地区，五团在兴化、建阳地区，六团在兴化以北（一部进入淮宝地区）。二旅为打开局面，在敌据点林立，扫荡频繁的情况下，时而化整为零，时而集中兵力打击敌人。四团于11月18日集中兵力突袭盐城新河庙据点，全歼伪军陈今尧特务中队第三支队，俘伪营长以下200余人，缴获机步枪300余支。四团于12月29日在冈沟河突袭出扰抢粮之敌，经四小时激战，全歼该敌，俘伪副旅长以下700余人，不幸的是团政委郭猛牺牲。在几个月里，二旅各团经数十次战斗，先后在卞仁庄、马庄等处打击出扰之敌，摧毁了伪政权，打开了这一地区的抗战局面。随后，二旅各部队掩护并协助地方党组织，宣传抗日，组织群众抗日团体；开展统战工作，建立三三制抗日政权；抽派干部培养和建立地方武装；实行减租减息，改善人民生活；发展党员，建立党组织等，为坚持原地斗争、开展抗日游击战争奠定了基础。
1941年10月，第六团一营为开辟新区，进入了兴（化）高（邮）宝（应）地区。该区以北曹甸、车桥、泾口等地区有韩顽残部盘踞，东西南均有日伪据点林立，地区狭小，原是国民党顽固派的统治区，并有大刀会、小刀会等武装活动。我六团一部深入该区后，采取了稳步发展的方针，首先对社会上层人士和伪乡长开展统战和争取工作；在行动上，严格执行三大纪律、八项注意，不拉夫、不扰民，处处维护群众利益，很快使群众消除了对我军的疑虑。11月7日夜，我六团一营经一小时激战，攻克了临泽伪据点，俘伪百余人，缴长短枪70余支。1942年2月，旅参谋长杜屏率六团一举攻克了王通河据点，全歼伪二十三师一个营，俘伪军300余人。由于我积极开辟新区，扩大了解放区，缩小了敌占区，使敌伪不敢轻易出扰，处于被动挨打的局面。
自从太平洋战争爆发后，日军战线延长，兵力不足。敌在苏中地区，只能在某一时期内集中一定的兵力，在某一地区进行扫荡。我军采取相互配合的作战行动，能很快地粉碎敌伪的扫荡。6月初，日军南浦旅团一个大队，有伪军3000余人配合，对我启海地区扫荡。四团配合兄弟部队，于25日向盐城地区丁家垛敌据点发起进攻。经一昼夜激战，全歼伪军一个营。敌遭我打击后，迅即收兵回营。
二旅各部队自进入新区后，地方武装不断扩大，为发展地方兵团创造了条件，使其能独立地担负起游击活动的任务。黄桥作战失败后的韩顽残部，在安丰、曹甸、车桥、泾口等地区，深沟高垒，进行固守，该顽与日伪勾结，时常向我边沿乡镇进犯，企图扩张地盘，并不断派遣特工人员破坏我地方工作。为制止韩顽的破坏和向外扩张，保卫根据地建设，我第五、第六团对企图扩张袭扰的顽军及时给予反击，并严密监视其行动。曹甸以北地区顽军第一纵队，企图与溱潼镇以北地区之顽军保三旅打通联系，曾占我竹横港，被我六团击溃并歼顽一部。韩顽经我多次打击后，不敢轻举妄动。在这期间，第二旅取得了打击敌伪顽战斗的胜利，坚持和保卫了抗日根据地，完成了上级赋予二旅的各项任务，为今后进一步巩固发展抗日根据地，打下了良好的基础。